Como se mencionó, en Oaxaca existen investigadores de cinco institutos: Investigaciones Filológicas, Investigaciones Estéticas, Matemáticas, Investigaciones Históricas y Geografía. En total hay más de 45 investigadores, quienes estudian principalmente Oaxaca y regiones adyacentes.
La Unidad de Extensión también apoya actividades de investigación con los espacios necesarios para algunos eventos.
A continuación se encuentran las páginas web de dichos institutos para más detalle sobre sus líneas de investigación:
Instituto de Investigaciones Filológicas
Instituto de Investigaciones Estéticas
Instituto de Matemáticas
Instituto de Geografía
Instituto de Investigaciones Históricas
Programa Universitario Diversidad Cultural e Interculturalidad